Строго говоря, именно летательные аппараты похожие на птиц и получили популярность - то что мы называем "классической" компоновкой самолёта это как раз птица и есть.
А если Вас интересует вопрос о том, почему эти аппараты не машут крыльями как птицы, то тут всё просто - перидические процессы (туда-сюда) создают большие нагрузки на конструкцию и могут использоваться в узком диапазоне скоростей/мощностей.
Бесконечные процесс (вращение) более удобен во всех смыслах:
меньше перегрузки
меньше износ конструкции
шире рабочий диапазон
Абсолютно такую же ситуацию мы наблюдаем в остальных областях:
автомобили с вращающимися колёсами, ане шагоходы
цепные и дисковые пилы, а не механические ножовки
вентиляторы, а не меха
Даже там, где мы вынуждены использовать периодический процесс (поршни ДВС), мы переводим движение во вращение и компенсируем недостатки периодического процесса с помощью коробки переключения передач. В результате, рабочий процесс в самом двигателе имеет узкий диапазон, а на колёсах диапазон скоростей расширяется с помощью КПП.
Короче, орнитоперы просто сложны в изготовлении и обслуживании, недолговечны, и неудобны в использовании.
Если всё же окажется верной теория панспермии - то хрен всем нам с этими аппаратами. :)