Почему познание Истины, это долгий и мучительный процесс самосовершенствования души, а не рассудочной деятельности?

Ваш вопрос не совсем вопрос, это скорее утверждение. Есть убрать "Почему", получаем утверждение очень похожее на религиозное. Если вы признаете это утверждение религиозным, то вопрос "почему" вторичен, а первичен вопрос веры. Если мы рассматриваем это утверждение не как религиозное, а как философское, то я с ним не  соглашусь. Моё несогласие вызвано в первую очередь множеством неопределенностей. Что вы подразумеваете под словами Истина и душа? В разных традициях и дискурсах, за этими словами стоят разные смыслы.

О Истине. 

Религия уже нашла для себя истину и она звучит приблизительно так "Истиной владеет Бог" или "Бог и есть Истина". Наука стремиться к познанию истины через исследование природы и человека, но понимает что она недостижима. Философия утверждает …. нет тут так писать нельзя. Некоторые философы разделяют религиозный взгляд на истину, некоторые научный, а некоторые считают что истин множество. Множественность истин можно рассматривать в контексте человеческого мышления, сравнения и культуры. К примеру: Кузнечик это еда? Для вьетнамца это утверждение истинно, для русского нет. 

Или диалектический взгляд на связи и явления, которые одновременно могут являть "единство и борьбу противоположностей" и в зависимости с какой стороны вы смотрите, то такая истина вам и открывается.

О душе. 

В некоторых религиозных традициях говорится о душе, как о частичке Бога в нас, в этом контексте она чиста и бессмертна.

В моём восприятии, душа это обобщенное (простонародное) понятие всего психического в человеке. Сюда входят: разум/рассудок, чувства/эмоции, самоосознание и бессознательное. И если вернутся к вопросу, то мы получаем противоречие. Так как самосовершенствование души не возможно без рассудочной деятельности.