Пакистан и Индия не были в составе единого государства, а были в составе одного колониального управления, да и то, не полностью - частью были под автономной властью "салютуемых" княжеств.
Проблема была в том, что мусульмане, потомки исламизированных индусов, считали себя хозяевами всего субконтинента, поскольку весь он находился по властью исламских сил в эпоху Аурангзеба, а до того - его большая часть и центр с Дели. Власть мусульман сопровождалась гонениями на индусов, а также на тех, кто исповедовал буддизм. То, что большинство жителей предпочло Индию, а не Пакистан, в высшей степени объяснимо - для немусульман быть под исламской властью невыносимо. После размежевания из Пакистана выставили всех индийских немусульман - сикхов, буддистов и индуистов (оставив некоторое количество христиан, и язычников, живущих в Гималаях, за которых заступились страны Запада). Размежевание сопровождалось погромами в обеих частях, индусы тоже схватились за топоры. При исламской власти в Индии сносили индусские храмы, и на их месте строили мечети. Так было и с храмом Рамы на месте его рождения, в Айодхье. В последние годы пошёл обратный процесс - храм Рамы сейчас восстанавливается. В Пакистане многие грезят реваншем , там считают, что всё, что было когда-либо присоединено мечом, т.е., захвачено, является мусульманским, это положение взято из исламского вероучения. Мусульман не выставили из Индии, их там едва ли не столько, сколько в Пакистане, и многие из них одурманены исламским радикализмом. Индия - страна исключительной веротерпимости и религиозного многообразия, а Пакистан - одно из наиболее моноконфессиональных, исламских государств мира. Вот и причина.