Еще как смешивались.
Здесь, как мне видится, вопрос стоит в массовости. Там, где русских было достаточно много (как в Башкирии, Татарии, Мордовии), смешивание было очень активным. А на Кавказе, где ситуация была сложной и опасной, русские не приезжали сколько-нибудь массово, были в основном военными, видевшими в местном населении потенциальных врагов - и как результат, было немного контактов. В Северной Азии русские селились очень ограниченно. В Средней Азии русские тоже селились неактивно - хватало места в Центральной России и на Урале.