На этот вопрос можно ответить словами историка науки Александра Койре, который пишет о Парацельсе в книге «Мистики, спиритуалисты, алхимики Германии XVI века» (кстати, недавно вышел русский перевод другой работы Койре "Этюды о Галилее"):
Кем был этот гениальный бродяга? Глубокомысленным ученым, заложившим в борьбе с аристотелевской физикой и классической медициной основы современной экспериментальной медицины? Предтечей рациональной науки XIX века? Гениальным эрудитом-медиком или невежественным шарлатаном, суеверным торговцем снадобьем от всех болезней? <…> Когда речь идет об изучении мысли, которая уже не является нашей, самое сложное — и самое необходимое — это <…> не столько стремиться понять то, чего мы не знаем (и что знал рассматриваемый мыслитель), сколько забыть то, что мы знаем (либо думаем, что знаем). <…> Забвение этой необходимой меры предосторожности, поиск в Парацельсе и мыслителях его эпохи «предтеч» современного мышления <…> ведёт к глубокому непониманию их творений <…>. Выше мы спрашивали: был ли Парацельс тем или иным? Нам кажется, что ни тем, ни другим, либо, если хотите, и тем и этим.
Поэтому есть смысл говорить об алхимии как о наборе практик, технологий и теорий, не применяя к ней стандарты современной науки. Полезно также помнить, что эти практики, технологии и теории сильно менялись со временем. Эти изменения прослеживает, например, Уильям Ньюман в статьях об алхимии Средних веков и раннего Нового времени для "Кембриджской истории науки". В Средние века алхимия была в значительной степени прикладной дисциплиной: алхимики не только пытались превратить неблагородные металлы в золото, но и занимались синтезом и очисткой различных химических препаратов, изготовлением пигментов и лекарств. В раннее Новое время алхимия становится основой новых медицинских теорий: Парацельс предполагает, что внутри человека находятся те же минералы, что и во внешнем мире и, поскольку подобное лечится подобным, делает акцент на лечении с помощью минералов. Алхимия также повлияла на корпускулярные теории материи в XVII веке. Короче говоря, тема настолько обширная, что ее невозможно свести к вопросу о том, были ли алхимики учеными или шарлатанами.