Нейробиология мышления пока еще не очень далеко продвинулась, но об инструментах мышления кое-что сказать можно. У меня математический ответ, с акцентом на математические инструменты мышления.
Физики, строя свои понятия, так далеко от интуиции не отрываются. Философы, как мне представляется, стараются указать как можно больше граней своих понятий. Нередки случаи, когда разные школы философов будут понимать одно и то же по-разному.
И в физике, и в математике источником новых знаний является эксперимент. Результаты экспериментов анализируются, обобщаются, и в результате выдвигаются гипотезы. В философии много разных течений, и не все они согласны между собой в том, что является источником знаний. Заслуга философии здесь скорее в том, что она вообще поднимает такие вопросы (об источнике знания, о роли эксперимента, об обобщении и т.д.)
Гипотезы надо проверять. В физике критерием истинности служит эксперимент, а в математике -- доказательство. В философии опять-таки есть разные течения, в которых приняты разные критерии истинности. И опять-таки заслуга философии в том, что она поднимает такие вопросы и вскрывает их глубину.
Физики изучает видимые и измеримые вещи в мире, философ - невидимые и неизмеримые.
А математик предоставляет инструменты для познания первым двум.