Причин может быть множество.
Высокая конкуренция. Продвигать низкочастотные запросы легче чем высокочастотные. Требования поисковиков в зависимости от типа и частотности запроса разные. Имеет смысл сначала продвигать НЧ и СЧ запросы. Если НЧ и СЧ запросы не попадают в топ-10, то не имеет смысла спрашивать почему ВЧ не в топ-10.
Технические проблемы - сайт запрещен к индексации (через robots.txt или метатег с атрибутом noindex), поисковыми системами наложены фильтры (от Яндекса - Баден-Баден, Минусинск, АГС, от Гугла - Пингвин, Песочница), сайт время от времени не доступен, проблема со скоростью загрузки страницы и т.п.
Отсутствие авторитетности - молодой сайт (менее года), небольшая ссылочная масса, отсутствие доверия к сайту (отсутствие контактов, реквизитов, портфолио, отзывов и т.п.).
Проблемы с поведенческими факторами - люди возвращаются в поисковую выдачу посетив сайт и не найдя необходимой информации, услуги или товара. Некоторые компании злоупотребляют и накручивают ПФ за счет ботов. Манипуляция может быть эффективной, но чревата наложением санкций поисковыми системами (см. пункт 2).
Алгоритмы поисковой системы - например Яндекс использует алгоритм "Однорукий бандит", т.е. время от времени "подбрасывает" новые сайты. Если посетители переходят на сайт и не возвращаются, то может служить сигналом того, что сайт полезный и Яндекс оставляет в выдаче, не возвращая старый сайт. Этот пункт связан с поведенческими факторами, но имеет свои особенности, неизвестно когда яндекс решит применить алгоритм у определенного запроса и какой именно элемент юзабилити сыграет ключевую роль.