Потому что противоречия есть в жизни. Более того, жизнь соткана из противоречий. Наука в своём исследовании не может на них не наталкиваться.
Если вы, конечно, имеете в виду действительные противоречия, а не те, которые порождает несовершенство той или иной науки или метода исследования.