из атомов камня вероятно получить нечто похожее на яблочное пюре
Конечно, можно и это давным-давно происходит. Даже странно, что вы об этом спрашиваете.
Чтобы из камня получить яблочное пюре не надо перепрограммировать атомы камня. Пюре получают на более высоком уровне.
Для этого камень (скала) дробится, превращается в грунт, в грунте работают бактерии, затем в грунт погружается программа с генетическим кодом, например семена яблони.
Исполнение программы генетического кода запускает процесс жизни яблони, а далее - плоды и яблочное пюре.
Атомы камня будут задействованы в программе процесса жизни яблони.