Мы не видим на уровне конкретных атомов каких-либо "программ", то есть, какой-то заложенной информации, которую возможно изменить, даже теоретически.
Атом представляет собой совокупность частиц с фиксированными свойствами, которые занимают либо единственное, либо одно из немногих возможных состояний. То есть, состояние атома однозначно определяется его составом. Более того, преимущественно составом его ядра, то есть, двумя числами, количеством протонов и количеством нейтронов в ядре (в большей степени — протонами). Ничего перепрограммировать тут нельзя, можно только изменить эти количества и получить либо другой элемент, либо другой изотоп.
Вообще, общий закон природы, особенно на таком элементарном уровне, состоит в том, что всё, что в принципе возможно, иногда происходит случайно. Иными словами, если бы атом можно было перепрограммировать, то в природе встречались бы такие перепрограммированные атомы.
Существуют, однако, теории, по которым глобально законы природы являются метастабильными. То есть текущее их состояние не является оптимальным. Оно является очень устойчивым, но его можно, в принципе, изменить.
Но, во-первых, мы не знаем, как такое изменение можно совершить, а во-вторых, такое изменение привело бы к катастрофическому изменению всего мироздания, а не к изменению свойств отдельного атома.