Мотивация - понятие очень субъективное. Есть множество методов, как можно проверить, насколько заинтересован ребенок в обучении, они включают в себя тесты, опросы, творческие задания. Есть дети, которые от природы (ну или от воспитания) стремятся к знаниям и учителям практически не нужно придумывать ничего для того, чтобы их заинтересовать. Гораздо больше детей требуют внешней мотивации, разнообразия учебного процесса, похвалы, результата. Главное - это отслеживать прогресс и обращать внимание на результат.
Важно понимать какая у вас конечная цель (зачем измеряем?) и какая у вас роль (родитель, сотрудник администрации, студент педагогического факультета). Очень классно, когда учитель отвел урок, а дети недоумевают "А что уже все закончилось?". Если время в классе пролетело - значит занятие было в радость. Школьные психологи, как правило пользуются проверенными методиками в которых оценка проводится с помощью опросников. Об этом на Яндекс Учебнике есть очень исчерпывающая статья от
Ксении Вотяковой. В статье, правда, нет самого распространенного опросника - Натальи Георгиевны Лускановой, но вы его без труда найдете в поисковике.