Коротко
Методолог — это более широкий термин для эксперта(ки) в конкретной не только методологии, который(ая) и сам применяет, и развивает методологию.
При этом про различия ответа однозначного нет — его формирует рынок, а он до сих пор создаётся → договаривается. В целом методист — более распространённое (и на мой взгляд, точное) название для тех, кто проектирует и помогает создавать курсы без привязки к конкретному способу.
Детальнее
На рынке с обеих сторон — работодателей, специалистов — можно встретить до их пор и то, и другое название для специалиста одного профиля.
Причина тому, что в России этот рынок ещё формируется, договаривается, обучается, узнаёт о том, что в мире уже десятки лет делают. Поэтому к этому возу терминов можно добавить ещё и «педдизайнера».
В целом я (и мы в Практикуме) разницу так видим: