Все зависит от того, какие спорные моменты имеются в виду. Незначительные можно урегулировать в претензионном порядке, путем переговоров и компромиссов. Другое дело, когда заказчик в принципе отказывается оплачивать работу. В этом случае вопрос решается в суде.
Вам придется собрать как можно больше доказательств существования договорных отношений: письма, справки, акты выполненных работ, счета, накладные, пропуск на территорию заказчика, допуск к производственной документации, выписки с банковских счетов (если какая-то часть работы была оплачена) и т. д.
Арбитражная практика по подобным судебным спорам неоднозначна. Однако большинство арбитров считают, что отсутствие договора не освобождает заказчика от оплаты выполненных контрагентом работ, которые имеют для первого определенную ценность.