Достоевский желает, чтобы Соня Мармеладова оказалась наказанной, или сочувствует ей?

Соня сознательно выбирает страдать "во имя спасения" других. Она говорит Раскольникову: "поклонись на все 4 стороны", когда гордый герой, который презирает и себя, и все окружение, начинает метаться. Все произведение он в крайностях: то у него ясное сознание, и он все понимает, и презирает всех и вся, то мечется в горячке. Соня сама выбирает поехать за Раскольниковым, это и есть ее наказание. Раньше она наказывала себя, т.к. винила в смерти матери, и пошла на панель, чтобы возвысится в своих страданиях, стать лучше отца, который не мог прокормить семью. После смерти отца и мачехи, она понимает, что ее жертва никому не нужна, о детях позаботятся деньги Свидригайлова. Она принимает ответственность за жизнь Раскольникова, решает за него, что ему делать. Его теория "попадает" в ее жизнь, что она хочет признания быть человеком, что не падшая женщина. Она возвышается над своим выбором, страданиями и становится этим человеком для Родиона. В ссылке заключенные ее боготворят, но чувства Раскольникова опять не понятны, и Достоевский оставляет финал открытым: какие еще великие мысли роятся в его голове. 

Для самого Достоевского и через все его творчество проходят осознанные страдания, которые являются наивысшей степенью проявления гуманизма. Как Алексей Карамазов. Поэтому автор симпатизирует героине, но показывает, что ее поступки - не просто так.