Хороший ответ у 다솜 Елены Хотулевой. Точно так же бы рассуждал.
По самому вопросу, у меня встречные. Тем более, что аналогичных вопросов об установлении родства "через" поколения тут становится все больше.
- Почему родство матери нужно установить именно с прапрадедом? Кстати, а по какой линии? Только мужской? Женской? Смешанной?
Там в каждом из вариантов будут свои особенности.
- Кем и где "большая часть документов утеряна"?
В независимости от того какие ответы будут на мои вопросы, поиск нужно вести по алгоритму предложенному Еленой.