ДНК этого "ниоткуда не знает". Мутации, действительно, случайны, но те мутации, которые НЕ МЕШАЮТ (в большинстве случаев) или, ещё лучше, СПОСОБСТВУЮТ (в меньшинстве случаев) выживанию имеют свойство кумулятивно накапливаться и закрепляться. У вирусов, например, это касается т.н. "консервативного генома", который не меняется на протяжении многих поколений.
Если мутации препятствуют выживанию, то особь, соответственно, вымирает.
Так и работает, т.н. "естественный отбор". Я, конечно, сильно упрощаю изложение, но как-то так оно и работает.