Отвечу словами Макса Борна, одного из основоположников квантовой механики:
"Я изучал философов всех времён и встретил у них множество ярких идей, но не смог усмотреть никакого стабильного прогресса к более глубокому познанию или пониманию сути вещей. Наука, напротив, наполняет меня чувством устойчивого прогресса, и я убеждён, что именно теоретическая физика есть подлинная философия."
--
Атеизм сложно объяснить потому, что для этого нужен огромный багаж знаний, который, как вы верно заметили, крайне редко оперирует фактами, предпочитая гипотезы и только потом теории, и вчерашний факт сегодня легко разбивается новой гипотезой, становящейся теорией, что уже претендует на звание факта. Но у научного пути, как у единственно верного, на мой взгляд, есть огромное преимущество перед любым другим - логика в построении гипотез и теорий и практика в их подтверждении, основанная на предыдущих знаниях, которые выстроены по тому же пути и так по цепочке в самое начало. И вся эта сложная и такая хрупкая структура в каждом своём элементе проверяема абсолютно каждым из нас, обладающим достаточным уровнем научных знаний и, главное, желающим её понять. Это всегда сложно, всегда и всем, это долго и больно, потому что наш с вами неокортекс миллионы лет своего развития занимался совсем не созданием колеса и квантовой механикой. Более того, попытка понимания этой новой физики и все связанные с этим проблемы понимания как раз выдают в нашем с вами мозге его слабость, примитивность нашей с вами речи, древнего и непригодного уже сегодня языка и общения.