Вопрос умышленно провокационный для поддержания своей точки зрения.
Атеизм - мировоззрение, никак не пересекается с репрессиями (политическим актом).
Идеология, любая!, может оправдать все что угодно, если такую цель ставят лидеры социальной группы (государства).
Идеология атеизма в истории не существовала, примеров социальных групп построенных на идеологии атеизма - нет.
Если вы про левые тоталитарные общества (СССР, КНДР, КНР), то атеизм используется там как инструмент морально-этического регулирования для замены исторических, традиционных религий.
Еще раз, у религий несколько функций, одна из них морально-этическое регулирование в социальной группе. Упраздняя религию, надо дать что-то взамен, атеизм в этом случае просто удобен.