Фраза "репрессии по идеологическим мотивам" это абсурд, пошлый софизм подлых интеллигентиков, которые являются паразитами интеллектуальной сферы общественного воспроизводства. Любые политические движения, в том числе против существующего строя, пропагандируют свою базовые идеологию, если хотят повести за собой народные массы против Государственного строя. Государство (любое, не только СССР), в целях обеспечения собственной безопасности всегда применяет репрессии наиболее реакционным, радикальным и представляющим опасность для существующего строя и власти господствующего класса, политическим организациям и лицам, которые одновременно являются носителями враждебной государству идеологий. Осуждаются носители идеологий и враждебная государству идеология, это прямая функция и задача любого государства.
Идеология атеизма в СССР не имел никакого отношения к репрессиям "по политическим мотивам". Идеология атеизма в СССР была составной частью пропаганды против религиозных предрассудков и суеверия среди населения.
Репрессии по политическим мотивам были, есть и будут во всем мире, где есть государства, которые карают граждан за преступления против государства. СССР не был исключением. Атеизм к политическим репрессиям не имеет нигде никакого отношения, в том числе не имел в СССР.
Лица и организации которые ведут политическую борьбу против государства придерживаются конкретную идеологию и эта идеология осуждается вместе с их носителями. Осуждение политических движений и идеологий государством не направлено против мировых религий и к атеизму это также не имеет прямого отношения.
Антигосударственные преступления могут совершать и совершали как атеисты, так и глубоко верующие люди, которые либо считали, что существующие политические порядки установленные существующим государством противоречить их коренным, классовым интересам, или были наняты спецслужбами иностранных государств, чаще и то, и другое одновременно. Любая антигосударственная деятельность всегда ищет поддержки не только внутри страны, еще за рубежом. Любая антигосударственная деятельность опирается на конкретную идеологию, если планирует вести за собой народные массы. То, что политические силы спекулируют религиозными чувствами, суеверием и политической безграмотностью верующих народных масс, к атеизму не имеет никакого отношения.
Государство (любое, независимо от формы правления или социально-экономической системы общества), чтобы обезопасить себя и власть господствующего класса, осуществляет репрессии против лиц и организаций, которые ведут тайную и открытую борьбу против него. Вот эти репрессии, направленные против антигосударственных преступлений, называются политическими. Антигосударственные преступления, в отличии бытовых и экономических преступлений отличаются своей направленностью против государства в интересах конкретных социально-политических групп внутри страны и за ее пределами. Эти социальные группы могут имет общие интересы (чаще имеют) аналогичными социальными элементами за пределами государства.
Государство карает государственных преступников независимо от их вероисповедания, этнической принадлежности, даже если преступники являются конченными атеистами в стране атеистов. Например, верхушка Коминтерна в СССР, правые и левые уклонисты, троцкисты, репрессированные в 30-е годы, были атеистами. Были репрессированы в годы Советской власти некоторая часть реакционного духовенства, которая вела открытую и тайную борьбу против Советской власти. Но эти репрессии никак не коснулись основную массу верующих и настоящего верующего в бога духовенства и атеизм тут ни причем. Вообще, верующими были в эпоху Сталина, наверное, 99% населения страны. Атеизм укоренился в СССР после смерти Сталина.
Все равно, верующих везде было много и никто никого никогда и нигде в СССР не преследовал людей за свободу совести и вероисповедания. То, что среди репрессированных по политическим мотивам за преступления против государства в СССР, были в том числе верующие люди, никакого отношения к атеизму в СССР не имеет.