Что же из себя представляет атеизм?

• а может меня закидают камнями

да не бойтесь, мы же на то и атеисты чтобы не копировать бездумно традицию верующих закидывать камнями или сжигать тех, кто думает иначе. 

• атеизм каким-то образом позиционируется как система убеждений чуть ли не наравне с другими религиями.

Да, верующие с ограниченными знаниями о мире и атеизме именно так и думают. У нас же нет секты и определения идеологии тех, кто отказывается верить в Деда Мороза или Покемонов? Нет. Здравомыслящему человеку ясно, что это вымысел (обман), по многочисленным причинам. А верить в обман глупо. Поэтому атеизм, как и неверие в Деда Мороза является лишь следствием того, что человек умен и придерживается научного образа мышления, отказываясь верить в утверждения не имеющие объективных доказательств.

• а то, что он из себя представляет можно считать просто здравым смыслом, который исходит из того, что рационально понимаемые события вероятны, а прочие - маловероятны, в чём собственно и состоит суть науки. 

Именно так и есть. Не все это могут понять, как и смысл, суть науки. 

• Невероятно сложно спутать атеизм с антитеизмом, но это происходит постоянно, и в этом наверняка и есть вся проблема. 

А вот здесь я не согласен. С точки зрения науки я считаю что защищать научную истину необходимо, необходимо разоблачать обман. А раз так, атеист вынужден входить в конфронтацию с верующими. Т.е. хочешь ты или нет, но ты вынужден быть и антитеистом. 

• Так можно ли считать атеизм мировоззрением в таком случае?

Нет. Атеизм лишь частный случай научного мировоззрения, основанного на фактах и доказательствах. Нет же разницы отрицать веру в экстрасенсов, гомеопатов или верующих? Все это формы обмана. Но никто не говорит что ты Аэкстрасенс, или ты Агомеопат…  Нет… Но как дело касается религии, ты сразу атеист. Сам термин атеист нужен лишь верующим, чтобы обозначать и клеймить тех, кто отказывается принимать их обман.