К государственному атеизму вида "СССР 1920-х годов" — точно не стоит. Громить храмы это варварство, а уж про репрессии в отношении священнослужителей и говорить нечего.
Государство, ИМХО, должно быть светским и поддерживать религиозные организации только в ограниченных случаях. Например, разумно будет освободить монастырь в центре города от уплаты налога на землю и помочь с реставрацией: хотя бы для того, чтобы сохранить здание как культурное наследие. Передать разрушающуюся церковь за символическую сумму в 1 рубль с освобождением от налогов и обязательством привести памятник архитектуры в порядок — тоже вполне оправдано, можно даже и беспроцентную ссуду под такое выделять (реставрация старых зданий стоит дико дорого).
Кроме того, мне нравится финский опыт включения в налоговую декларацию пункта "взнос на церковь" — прихожане могут поставить там галочку и заплатить дополнительную сумму вместе с прочими налогами. Заодно, кстати, мы и узнаем процент исповедующих ту или иную религию, это как минимум интересный социологический показатель.