Независимый - это значит без аффилиации, ведь так?
Как я слышал, не все журналы берут в публикацию работы независимых исследователей, не в каждом журнале они могут быть рецензентами, не в каждом вузе научными руководителями и не в каждом диссовете оппонировать. Это сокращает возможности построения связей с коллегами, мешает заработать известность в академической среде.
Меня самого эти ограничения не касались, так как аффилиация у меня была: я готовил диссертацию как аспирант вуза. Учёбу я сочетал с работой, причём в двух местах: читал лекции как почасовик, и была ещё одна работа, не академическая, в художественной галерее. Было сложно всё успевать. Сейчас я сотрудник музея и пишу статьи в рабочее время, так как это одна из моих рабочих обязанностей (не главная). И как-то всё разгрузилось сразу.
Если у исследователя нет возможности жить, скажем, на доходы от аренды, если он живёт на зарплату, тогда одно из двух: или он работает как сотрудник научной организации, где получает зарплату за свои исследования, или работает где-то ещё и получает зарплату за что-то другое, а исследованиями занимается в свободное от работы время, урывками. Так можно, но любой крупный результат (монография, курирование большой выставки) достигается ценой перенапряжения. Это трудно.