Использование этой фразы Лениным говорит о двух вещах: глубокой вторичности теоретического наследия "классика" (вообще понятие "тюрьма" народов изначально применялось к империи Габсбургов, потом - с легкой руки маркиза де Кюстина - к России, ну а от него перекочевало к Марксу и Энгельсу) и популярности идей национализма в начале XX века, когда он стал одной из самых революционных идеологий. Собственно никакого глубокого анализа национальной политики Российской империи в работах Ленина нет даже близко - исключительно набор заимствованных штампов. Даже Сталин был в этом отношении более оригинален - свою работу "Марксизм и национальный вопрос" он писал с целью критики идей австромарксистов. Просто в начале XX века априори считалось, что национальное государство - это хорошо, а империя - плохо, потому что все империи угнетают нации. Правда этот подход появился в Европе на основе анализа национальной политики европейских же империй, тогда как о ситуации в России знали только по слухам и сплетням (даже о Польском восстании европейцы судили больше по словам эмигрантов, давно покинувших Царство Польское, а не тех, кто в этом восстании непосредственно участвовал). В итоге эта концепция "империя - тюрьма народов", поскольку она мешает нациям обрести свои государства была некритично заимствована Лениным, который начал ее использовать в политической борьбе, стремясь заручиться поддержкой всех национальных движений (причем он даже не особо разбирался в том, что далеко не все националисты придерживались социалистических взглядов).
Конечно, Российская империя не была раем на земле, но даже современные западные исследователи признают, что национальное угнетение как целенаправленная политика верховной власти в ней практически отсутствовала - в том числе по причине того, что нации в ней еще не успели сложиться, по большей части. Ну и опять-таки многие исследователи указывают на то, что наиболее угнетенным народом (кроме евреев - но евреи в Российской империи притеснялись не по национальному, а по религиозному признаку) были русские, подвергавшиеся "внутренней колонизации", тогда как власть находилась в руках полиэтничной элиты, а не русских националистов.