Все частицы переносят энергию, не только фотоны. Фотоны являются переносчиками не энергии, а "взаимодействия". Кроме фотонов, переносчиками взаимодействия являются глюоны и W и Z бозоны.
Атом состоит из множества частиц. Он может превратиться в энергию, если столкнётся с анти-атомом. Анти-атом должен содержать все те же частицы, только анти. Каждая из них столкнётся с каждой и аннигилирует.
Так же материя может превращаться в энергию частично, в ядерных реакциях. При слиянии ядер бывает так, что результирующее ядро легче суммы масс исходных ядер. Такое слияние называется "термоядерной реакцией" или "ядерной реакцией синтеза". Так же бывает, что при расщеплении ядра суммарная масса осколков меньше, чем масса исходного ядра и тогда она тоже выделяется. Это называется "ядерной реакцией деления".
Часть материи, которая может превращаться в энергию в таких случаях называется "дефект массы" или "энергия связи".