Как известно, материя может превращаться в энергию. Как это выглядит на атомном уровне? Только ли фотоны являются переносчиками энергии?

Нет. Материя в энергию - не превращается. Она ею - обладает. Фотоны - тоже являются разновидностью материи, и при этом они обладают энергией как одной из своих характеристик. Потому что это - "объективная реальность, данная нам в ощущениях, и не зависящая от нашего мнения о них". Переносчиками энергии могут являться - любые частицы, атомы, молекулы и так далее.

Ну, скажем, лягушка - зелёная. Она является "носителем зеленоты". Зелёный цвет является её характеристикой. Но зеленота может быть присуща не только лягушке, но и траве, листьям, камню (например, малахиту)... То есть, лягушка - это отнюдь не единственно возможный носитель зеленоты. Но зеленота, как таковая, сама по себе, без какого-либо носителя - не бывает. Даже зелёнка - это материальный носитель, которому присуща зеленота. Так же, вот, - и энергия. Потому что это - всего лишь качество, характеристика, выражающаяся в способности протащить тело массы M на расстояние L воздействуя на него силой F.