Нужно использовать оба инструмента, особенно если речь идёт о SEO. В Яндекс Метрике вы не увидите поисковых запросов, по которым перешли из Google, в Google Analytics вы не увидите поисковых запросов, по которым перешли из Яндекс.
С помощью Google Analytics также удобнее отслеживать пути пользователей и ассоциированные конверсии.