Почему одни, чем глубже вникают в религию, тем больше верят, а другие, чем больше вникают, тем больше становятся атеистами?

Вопрос в том, кто вникает, а кто думает, что вникает.

Вникать означает обдумывать и пытаться понять. Вникающий в религию человек ищет смыслы, находит их и проникается ими. Потому что смыслы в религии - если мы говорим за авраамические религии - действительно шикарные и крутые. 

Но есть люди, которые объявляют, что вникли в религию, но на деле - просто поверхностно прочитали несколько глав Библии или Корана. Попробую проиллюстрировать примером.

Это как мне некоторые борцы пытаются рассказать, что в Библии праведничек напился и переспал с дочерьми, заделав им детей, и ему ничего за это не было - мол, инцест приветствуется, что за распутство и двуличность такие вообще! И вот такой человек будет говорить, что он вник в религию и поэтому стал атеистом.

Да, там есть такая история, но она немного про другое - дочери хотели в строгости выполнить завет, чтобы род их отца не прервался, а им не пришлось повторно выходить замуж. И они споили отца, переспали с ним, родили, а их дети дали начало двум народам, которые потом активно угнетали всех евреев всю оставшуюся Библию. То есть напортачили дочки, а встрял весь народ на пару тысячелетий. История вообще о том, что даже ради замечательных и светлых целей нельзя пользоваться неправильными методами, потому что результат никому не понравится - вот что видит вникнувший человек, который проникается этой идеей и начинает верить сильнее)