Почему одни, чем глубже вникают в религию, тем больше верят, а другие, чем больше вникают, тем больше становятся атеистами?

Обычно, на похожие вопросы отвечаю так: каждый находит то, что ищет. Да и Господь Иисус Христос советует нам следовать такому правилу: 

Приведу пример. Знаю людей, которые открывают Священное Писание с одной целью: отыскать там какой-нибудь аргумент против религии. Человек в принципе ни на что другое внимание не обращает. Ему интересно только одно: уколоть верующих, доказать их неправоту, ущербность веры.

Приведу ещё пример. Мне нравится, вы может и не оцените. В Евангелии описывается случай исцеления Христом человека, который лежал больной 38 лет у всех на виду (Ин. 5:5). Но человек не знает имени того, кто его исцелил. У Христа же были противники, которые Его ненавидели и искали какой-нибудь способ от Него избавиться: поймать на каком-нибудь каверзном вопросе, осудить, убить. Множество раз они становились свидетелями чудес Иисуса Христа, но это никак не меняло ситуацию, потому что у них были другие цели. Христос их не интересовал. Они другое ищут.

Так вот. Исцелился этот человек. Но вот беда: Бог посмел исцелить бедолагу в субботу и сказал, чтобы тот вставал и с вещами шёл по своим делам. Противники Христа позже замечают это и начинают разборки, указывая, что нельзя таскать вещи в субботу.

И видя здоровым человека, который 38 лет был болен, их интересует не то, как и кем он был исцелён, и не где тот человек, который исцелил, а где тот человек, который сказал таскать в субботу вещи:

Есть в сердце человека нечто, что отвечает за этот ключевой выбор. Всё остальное уже вторично, все вот эти тонны аргументов, бесконечные разборки "кто-кого". Сначала происходит сбор некой базовой информации, достаточной для оценки ситуации, затем происходит выбор, а потом адаптация жизни под этот выбор.

Допущу, что это нечто — смирение (примирением с тем фактом, что есть что-то выше тебя, что-то умнее, более разбирающееся в том, что полезно/вредно, хорошо/плохо, что-то более совершенное).

Именно поэтому история знает как верующих учёных, так и неверующих, как ищущих дружбы с Богом верующих, так и враждующих с Ним верующих (сатанисты и проч.).