Ответов на этот вопрос три. Власть, сложность, менталитет.
- Так уж вышло, что любое сколько-нибудь значимое общественное движение вызывает у властей интерес и стремление использовать движение как инструмент в политике. Но христианство в вопросе политики занимает довольно дискомфортную позицию. Власть - от бога, а мы в политику не лезем, потому что кесарево - кесарю, а богу- богово. Ну, и всякое там "разводиться-аморально".
В итоге у ряда деятелей возникает желание сделать свою карманную церковь. Это и англикане, и лютеране, и кальвинисты, и еще много кто. Собственно, весь протестантизм вырос из желания создать собственную ручную церковь с блек... Сейчас назревает значимый раскол в католичестве - уже проскакивают новости типа "несколько священников-католиков сообщили о своем гомосексуализме и требуют исключить гомосексуализм из списка грехов".
Сюда же, наверное, стоит включить людей, которые стремятся к власти или богатству. И порой они пытаются создавать свои учения. Рону Хаббарду, основателю церкви сайентологии, приписывается фраза "Хочешь заработать миллион - создай религию". Понятно, что в христианстве такого мотива быть не должно, но священники тоже люди и не всегда они свободны от стремления к власти. Таким образом появились некоторые секты христианства (например, мормоны или СИ). И эти же мотивы привели к дроблению протестантских деноминаций на десятки мини-учений.
- Христианство - НЕ простое учение. Оно с одной стороны само по себе сложное с метафизической точки зрения и требует некоторой перестройки сознания, а с другой - оно еще и основывается не на строгих формулировках, как иудаизм или ислам, а требует понимания духа и смысла. В итоге получаются неизбежные ситуации, когда появляется какой-то деятель, понимающий тезисы христианства как-то особо.
Конечно, изначально в христианстве наладилась практика соборного понимания. Это когда обсудить тему приходят сразу все известные богословы и обсуждают какую-то идею. По-хорошему, если идею не принимают, то от нее надо бы отказаться, как от еретической. Но, конечно, кто-то не готов признать свою неправоту и идет на принцип. В результате некоторые деятели предпочитали отколоться. Это и ранние ариане с несторианами, и куда более поздние наши раскольники-старообрядцы.
- Довольно неочевидный блок, но тем не менее порой возникают и такие вещи, как подстраивание христианства для себя. Когда-то добрая знакомая натолкнула меня на мысль, что для римских граждан идея "орднунга", единого порядка и единой централизованной структуры очень близка - и они стремились сделать православие такой же единой структурой, управляемой из единого центра по единым правилам. Получилось католичество. А греки и евреи предпочитали самостоятельные структуры, просто с какой-то общей координацией понимания (и получилось автокефальное православие). В итоге они не могли не разделиться, потому что строгие правила и единое подчинение католиков у православных вызывает внутренний диссонанс. А у католиков, напротив, идет непонимание - как это вдруг можно без единого центра, о чем-то договариваться... а кто-то еще и не слушается, и ему надо не приказать, а убедить и договориться... Или вот в Греции с мягким расслабленным климатом и такими же жителями чудно прижилось мягкое православие, а в Испании, которую пришлось отвоевывать у мавров, где требовалась строгая дисциплина, где нужно было четко помечать своих и чужих, отлично вросло строгое католичество.
Понятно, что в каждом расколе все эти три причины как-то перемешаны. Но так или иначе с подобными причинами мы сталкиваемся.