Ярлыки установленных программ, которые размещены на вашем рабочем столе работу компьютера не замедляют. Максимум, что может быть - более медленная загрузка системы (но значками должен быть заполнен практически весь рабочий стол) из-за отрисовки значков. Если это просто ярлыки и они вам мешают, то можно их удалить, сами программы останутся установленными. Позже, если вдруг понадобятся - найдете их в меню Пуск.