Разница в том, какие бактерии используют для сквашивания молока. В простокваше - молочнокислые, в йогурте - болгарская палочка и термофильный стрептококк, кефирный "коктейль" квасильщиков - большой, там и дрожжи, и уксуснокислые бактерии. Ряженку "квасят" те же стрептококки и болгарские палочки, что и йогурт. Так что ряженка с йогуртом родственники с этой точки зрения.
Разные микроорагнизмы по-разному расщепляют молоко, так что различается и результат - количество (и наличие) спирта, уксуса, остатков сахаров. Все это и влияет на вкус и консистенцию готовых напитков.
Ну канечна, все остальные бактерии умирают перед тем, как начать размножаться. Но в ряженке все нитак!