Региональные электрички с частыми остановками ходят в одном часовом поясе, там уже используется местное время. В дальнем сообщении также местное намного удобнее (можно планировать пересадки, заказывать такси, встречать пассажиров итд без лишних вычислений и путаницы). Особенно глупо московское время смотрится на вокзалах дальнем востоке. Надеюсь, это скоро исправят.
П.С.: Авиация для работы использует единое время UTC, но для пассажиров указывается всегда местное время.
С расписанием всё очень просто. Указывается местное время, а в скобках московское.