Это как раз то, о чем рассказывают на курсе латыни на лингвистическом факультете: у латинского языка существуют различные периоды, в которых прочтение слов различалось. Чаще всего сравнивают классический период и средневековый. Так, в классическом прочтении Caesar будет читаться как [каэсар], в то время как в средневековый — [цэзар], и также некоторые другие мелкие различия (сочетание ti, eu и тд). Причина: развитие языка, все просто.
Но поскольку заимствование слов происходит в разное время и через разные сферы жизни человека, то и произношения заимствуются по-разному: как услышал/прочёл, так и вносишь в свой язык. А иногда бывают и оба варианта допустимы, в зависимости от контекста, как тот же «кентавр» в ответе выше.
У нас и с греческим так: «Гиппопотам», но «Ипподром».
Разные пути заимствования — отсюда и причина этих Ц и К.
очень просто запомнить для избежания путаницы, что «Ц» имеет место быть в созвучиях «цЭ-цИ-цЁ»,— в остальных случаях произносится как «К». это если вы о практике чтения латыни «того» времени.
В античной латыни она всегда произосилась как "к", в средневековой как "ц" она стала произноситься перед гласными i и e; современное итальянизированное чтение предполагает в этих случаях звук "ч". Если я, конечно, ничего не путаю.
В английском вроде тоже иногда "C" звучит как "Ч". Например da Vinci или Avicii.