В русском языке часто встречаются такие "не логичные" примеры. Вот посмотрим, как обстоят дела с этой парой в других славянских языках:
курыца, кураня (белорус.)
пиле, пиле (болг.)
пилешко, пиле (македонск.)
kura, kurczak (полькс.)
пилетина, риба (сербск.)
kurčaťa, perníkový (словацк.)
курка, курча (укр.)
kuřete, perníkový (чешск.)
Этимология "цыпленка" происходит от междометия, каким призывали птиц "цып-цып". Почему так произошло? Неизвестно, насколько я понимаю, это связано с тем, что носители русского языка проживали на окраине "славянского мира" и контакты с неславянскими народамы происходили чаще чем со словянскими, поэтому лексика русского языка сильно отличается от других славянских языков.
Правильно курчёнок, курчатко, курча...