Основная причина- экзогенные факторы в виде вредных привычек в первые годы жизни и в период формирования прикуса. К примеру, вредная привычка сосания большого пальца руки приводит к протрузии медиальных резцов верхней челюсти относительно нижних медиальных резцов. Однако эндогенные факторы также нельзя отрицать. Болезни матери в первые месяцы беременности, родовые травмы. Болезни ребёнка в первые годы жизни(к примеру,рахит). А также генетическая предрасположенность.
Первая же картинка в Гугле по запросу medieval teeth опровергает вашу чушь про идеальные средневековые зубы