Почему самолётам нужно набирать большую высоту, а не лететь, например, над городом?

Помимо того, что уже описано в другом ответе, при различных нештатных ситуациях (например, при сваливании самолёта) на большей высоте у пилотов есть больше времени для устранения возможной опасности.