Потому что на большой высоте атмосферное давление ниже, плотность воздуха меньше. А значит, меньше сопротивление при полете - меньше расход топлива, выше скорость. Еще на большой высоте самолет не мешает горожанам шумом работающих двигателей. Выхлопные газы остаются высоко в атмосфере, а не в черте города. Высоко в небе нет опасности столкновения с высотными зданиями, трубами, башнями, горами.
Помимо того, что уже описано в другом ответе, при различных нештатных ситуациях (например, при сваливании самолёта) на большей высоте у пилотов есть больше времени для устранения возможной опасности.
Смотря какой самолёт, например ту-154 из плоского штопора не выходит