Лед образуется от снижения температуры. Температуры чего? Температуры воздуха в первую очередь. Вода долго держит тепло и остывает гораздо медленнее (см. удельная теплоемкость). Воздух охлаждает только поверхность. Поэтому именно на поверхности возникает лед. Причем, после появления льда вода теряет контакт с воздухом и поэтому дальнейшее охлаждение не происходит. А если на лед еще и снег ляжет, то получится теплая шуба, которая еще больше защищает воду от охлаждения.
А если водоём постоянно перемешивать то он замёрзнет весь?