Слово "крещение" действительно происходит от слова "крест". Описанная автором вопроса коллизия имела бы место, если Иисус и его современники говорили бы по-русски и сразу бы называли обряд, который совершил Иоанн Креститель над Иисусом в водах реки Иордан, крещением - за некоторое время до казни самого Иисуса на кресте, который стал символом христианства позже. Но Иисус и его современники говорили на арамейском языке, а не на русском, который появился несколько позже самых последних библейских событий.
Слово "Крещение" пришло из греческого языка. Смысл слова "Крещение", означает: я изучил, я согласен с тем что я изучил, и я обещаю жить так был научен.