Скорее всего от тех специалистов, которые работали во времена "чистого" DOS. Во времена, когда и Windows была лишь shell для DOS.
Когда рухнувшую систему восстанавливали путём загрузки с дискеты и запуском команды format C: с последующей переустановкой с тех же дискет. )))
Хранение рабочих файлов на отдельном разделе существенно упрощало такое восстановление.
На сегодняшний день я могу сказать, что такая рекомендация существует для шпиндельных жёстких дисков. Дело в том, что на шпиндельных жёстких дисках физическая область с максимальной скоростью чтения/записи находится ближе к началу диска. Таким образом, операционная система устанавливается ближе к началу, а документы в раздел со смещением относительно начала, который обеспечивает достаточный размер для работы самой операционки.
В *nix системах ближе к началу размещается раздел swap, который пользователи Windows знают, как файл подкачки (который хранится на системной партиции и занимает по умолчанию размер в два объёма оперативной памяти).
Так что логика именно такова: обеспечить максимальную скорость чтения/записи для самой операционной системы.
А вот хранение папки Users в корне системного диска с Windows по умолчанию, я считаю как раз подтверждением того, что производители Windows об озвученных в вопросе рекомендациях явно не вспоминали, да имеет ли смысл с приходом твердотельных дисков такая оптимизация? Нет конечно.
Скорее имеет смысл установка второго диска для реализации стопроцентого резервирования на уровне зеркалирования дисков.
бэкап не сделать,если в системе не 2 диска/раздела
Что бы можно было удобнее переносить и форматировать файлы. Можно сохранить диск д и форматнуть виндовс на диске с. И наоборот можно удалить всё кроме виндовс. Так же это защита от случайного удаления системных файлов.