Во времена, когда любая проблема с ОС решалось переустановкой Шинвдовс, второй раздел с файлами и программами был необходим для безболезненной переустановки ОС. Держа все пользовательские файлы на втором разделе, можно было быстро переустанавливать систему не занимаясь копированием и возвращением пользовательских данных. Даже сейчас это действенный способ и пригодиться тем, кто постоянно ломает систему, подхватывая вирусы или удаляя системные файлы.
бэкап не сделать,если в системе не 2 диска/раздела
Что бы можно было удобнее переносить и форматировать файлы. Можно сохранить диск д и форматнуть виндовс на диске с. И наоборот можно удалить всё кроме виндовс. Так же это защита от случайного удаления системных файлов.