С тех пор когда FAT не позволял создать раздел больше определенной величины. Кроме того многие файловые системы на больших разделах не эффективно записывают маленькие файлы. Каждому файлу выделяется отдельный блог. Если блог значительно больше файла часть дискового пространства не используется.
бэкап не сделать,если в системе не 2 диска/раздела
Что бы можно было удобнее переносить и форматировать файлы. Можно сохранить диск д и форматнуть виндовс на диске с. И наоборот можно удалить всё кроме виндовс. Так же это защита от случайного удаления системных файлов.