Если используются влагозащитные препараты, то поверхностную обработку пиломатериалов можно проводить до начала строительства, иначе их частично смоет дождем. В процессе строительства обрабатывают только те места, которые потом будут недоступны после завершения строительства, например, пазы бревен. А основные работы выполняют после сборки коробки дома.
В идеале, методом "окунания" - то есть полностью, или с производства или на участке