Обрабатывайте материал, до строительства и дать препарату впитаться, а древесине высохнуть.
Если это каркасный дом, то весь пиломатериал необходимо обработать до начала сборки, желательно в заводских условиях. Хранить на участке сборки в штабеле, с защитой от осадков.
В зависимости от желаемого результата - огнезащита или био защита, различаются и препараты.
Существуют различные антисептические материалы - вымываемые, трудно вымываемые и не вымываемые, - читайте на упаковке и инструкцию к применению. За одно нанесение препарата, любым методом - распыление, кисть, окунание, - дерево не способно впитать более 180 г/м2 (в зависимости от начальной влажности древесины, качества обработки). Соответственно, для достижения огнезащиты класса Г1, необходимо препарат наносить в 2 прохода, после высыхания первого.
Если речь идет о срубе, то в теплое время года, достаточно транспортного антисептирование. В любом случае, после усадки, перед покраской, бревно необходимо шлифовать. Зимой нет необходимости обрабатывать бревно.
Если у древесины есть пороки, то никакой антисептик не исправит. Даже хлор содержащие препарата, такие как отбеливатели плесень/грибок, только убьют существующие поражения, на данном этапе. Но если будет благотворная среда, для развития патогенов, то никакой антисептик не спасет. Это же касается и здоровой древесины, если она будет в благоприятной, для плесени и грибков среде, то и ни какая биозащита (кроме не вымываемой, дорогой и импортной), не поможет.
В идеале, методом "окунания" - то есть полностью, или с производства или на участке