Да, можно. Вообще мозг - штука гибкая. В своем мозгу Вы можете делать все, что вздумается: хоть знания по папкам раскидывать, хоть думать голосом Киркорова. Можете проверить на следующем абзаце.
Поэтому да. Если Вам так удобно, то почему бы и нет. Со временем можно натренироваться и оперировать папками постоянно. Но я не думаю, что это будет намного эффективнее классического метода. Хотя, кто знает...
Мозг может устраивать свою работу как угодно, на это ограничений нет и не было. Для достижения своей цели можете попробовать техники медитации и побывать в wonderland. Гугл в помощь, для мышления нет невозможных техник.