Проблем на въезде не будет, но вот если соберетесь второй раз на чешскую визу подаваться, а отметки о въезде в Чехию по предыдущей визе не будет, то вам скорее всего дадут однократную визу строго на сроки поездки. Исключение наверное Дрезден, туда операторы периодически запускают дешевые чартерные рейсы с трансфером до Праги.
А если количество дней совпадает?