Согласовать изменения помещения в нежилом здании можно заказав проект перепланировки и техническое заключение в соответствии с Постановлением Правительства Москвы №432. После этого нужно подготовить технический план (делает кадастровый инженер) и подать его на регистрацию в Росреестр (через МФЦ). Также, актуальную перепланировку помещения можно внести в планы БТИ - заказать техническую инвентаризацию и прдъявить сотрудникам БТИ проект и ТЗ. Правила для Москвы, в остальных регионах БТИ необязательный орган. Но подготвить проект и тз нужно в любом случае.
Согласованием перепланировки помещения в нежилом здании занимается сам заявитель и орган местного самоуправления. Заявитель подаёт заявку, её рассматривают и в течение 3 дней дают ответ.
Если Вы находитесь в Москве, то можете обратиться в специализированную компанию, например: https://www.2proektor.ru/
Как такового органа управления, занимающегося конкретно перепланировкой нет. Вы сами должны подготовить необходимый перечень документов и подать его в местную жилинспекцию.
По данному вопросу советую почитать эту подробную статью: https://resog.ru/soglasovanie-pereplanirovki-nezhilyh-pomeshhenij