Какого-либо единого правового документа на территории РФ, который регулировал бы вопрос согласования перепланировки нежилого здания, не существует.
В Москве, если нежилое помещение находится или пристроено к жилому дому, то согласовывать необходимо в Жилищной инспекции согласно Постановлению Правительства Москвы №508.
Если нежилое помещение находится в отдельно стоящем нежилом здании, то перепланировку необходимо согласовывать сразу в БТИ на основании проекта перепланировки и технического заключения, выполненных проектной организацией с допуском СРО, так как Постановление Правительства Москвы № 551 отменило бывший порядок согласования перепланировки нежилых помещений в данном случае, а никакого нового правового акта принято не было.
Согласованием перепланировки помещения в нежилом здании занимается сам заявитель и орган местного самоуправления. Заявитель подаёт заявку, её рассматривают и в течение 3 дней дают ответ.
Если Вы находитесь в Москве, то можете обратиться в специализированную компанию, например: https://www.2proektor.ru/
Как такового органа управления, занимающегося конкретно перепланировкой нет. Вы сами должны подготовить необходимый перечень документов и подать его в местную жилинспекцию.
По данному вопросу советую почитать эту подробную статью: https://resog.ru/soglasovanie-pereplanirovki-nezhilyh-pomeshhenij