Никакой. Нельзя поставить эксперимент, который бы сфальсифицировал идею Матрицы как теорию (см. критерий Поппера).
На любой придуманный эксперимент, чтобы проверить, что мы не в Матрице, сторонник теории Матрицы сможет придумать оправдание, которое разумно звучит в рамках теории Матрицы (что Матрица достаточно умная и адаптируется под наши эксперименты, что эксперимент не удался, чтобы мы не догадались, что мы в Матрице, и так далее).
Максимум, что получится сделать - заранее договориться о модели Матрицы - что в ней возможно, и что не возможно. Но это будет лишь доказательством, что вы живете не в той модели Матрицы.
Сам вопрос является косвенным доказательством. Если бы мы жили в матрице, появились бы агенты матрицы и удалили бы этот вопрос, чтобы он не сеял сомнения в умах.
слишком тонко
Если человеку дать по лбу и отобрать деньги, то невольно возникнет ощущение, что всё это реально. Теория матрицы возникла давно, хоть и называлась иначе. И именно таким способом убеждали её сторонников, что жизнь нам не кажется.
Примерно таким же образом как и нельзя опровергнуть существование волшебников мира Гарри Поттера (ведь они могущественнее и шифруются), Нарнии в шкафу (портал куда открывается случайным образом) и т.д. Соответственно, гипотеза ненаучна.