Никак.
Расскажу вам про философию Карнапа. Он был логическим позитивистом, а это такая веточка эмпиризма, которая в принципе так же отдает предпочтение эмпирическому опыту в плане познания окружающего мира. Так вот Карнапу принадлежит идея о т.н. лингвистических рамках. Сам факт принятия или непринятия матрицы как основы нашего существования суть лингвистическая рамка. Мы рассуждаем на основе опыта, получаемого изнутри нее( если не допускать, что существует некий поток информации, проникающий к нам из надматричного мира). И потому всякая истина, извлекаемая нами из чувственного опыта, а так же всякая логически постигнутая истина всегда существует внутри нашей лингвистической рамки. То есть если мы существуем в матрице, то все, что мы сможем внутри нее узнать, будет отвечать лишь на вопросы природы матрицы, а нее ее существования. Но вот если мы предположим, что вы в каком-нибудь медитативном трансе достигните нирваны, мокши или сатори, или любого другого вида просветления, сможете посмотреть на систему снаружи нее, а не изнутри, то есть увидеть и матрицу и реальность одновременно, то вы сможете быть уверенными, что матрица существует. Ну а пока вы вырываетесь из сансары, нам не остается ничего другого, как принять идею Рассела о том, что верующие( не обязательно религиозные) должны доказывать существование трансцендентного, а сомневающиеся не должны обременять себя необходимостью подтверждения обратного.
Сам Карнап вам бы сказал, что задавать вопрос о наличии или существовании матрицы или реальности бессмысленен, потому что он не предполагает возможности наличия как эмпирически, так и логически выверенной истины, хотя кто я такой, чтобы говорить за Карнапа.
Сам вопрос является косвенным доказательством. Если бы мы жили в матрице, появились бы агенты матрицы и удалили бы этот вопрос, чтобы он не сеял сомнения в умах.
слишком тонко
Если человеку дать по лбу и отобрать деньги, то невольно возникнет ощущение, что всё это реально. Теория матрицы возникла давно, хоть и называлась иначе. И именно таким способом убеждали её сторонников, что жизнь нам не кажется.
Примерно таким же образом как и нельзя опровергнуть существование волшебников мира Гарри Поттера (ведь они могущественнее и шифруются), Нарнии в шкафу (портал куда открывается случайным образом) и т.д. Соответственно, гипотеза ненаучна.